噴霧干燥過程可以是分批的或連續的，這取決于生產需要和待噴霧干燥的溶液的穩定性。由于減少了產品操作，可以減少微生物和顆粒負擔。通常存在溶液容器，具有預濾器和無菌過濾器的過濾系統，以及以受控速率供給噴霧干燥器的壓力容器，噴霧干燥器本身和散裝容器。
  
  用于產品干燥的空氣應進行HEPA過濾。當使用硅樹脂墊圈設計時，該系統將承受滅菌溫度。霧化裝置可以是噴嘴或高速離心裝置。
  
  噴霧干燥的產品通常對溫度敏感，因此，應控制空氣溫度并盡可能低。霧化裝置的設計應確保產品不會粘附在容器壁上。表面干燥和去除熱原可以在連續操作的隧道或分批烘箱中進行。前一種方法是優選的，因為它使加載過程中顆粒污染的可能性更小化。