噴霧干燥機有許多不同的方式：例如，干燥氣體是否再循環（閉環與開環系統），所用干燥氣體的類型（空氣，氮氣或氬氣），霧化器或噴嘴的類型（壓力，雙流體，超聲或旋轉），使用的粉末回收系統（通常通過旋風分離器和/或濾袋），表面處理的程度（即內表面的拋光程度），是否存在就地（CIP）或就地消毒系統以及儀器和自動化水平。
  
  藥物噴霧干燥機通常將高程度的精加工和先進的控制系統與簡單的硬件設計結合在一起，從而使清洗更容易。不僅因為它可以安全地干燥有機溶劑，而且還可以減少產品中的氧化。壓力噴嘴和雙流體噴嘴主要用于中試和大型設備，其選擇通常取決于進料的類型和產品的目標粒度。旋轉噴嘴由于清潔性差而較少使用。超聲波噴嘴在小型設備中的使用非常有趣，因為它們允許形成大液滴，而大液滴與大型設備的液滴非常相似。
  
  對于無定形固體分散體，通常需要使用氮氣作為干燥氣體的密閉系統噴霧干燥機，因為需要處理有機溶劑。還優選壓力噴嘴，因為它們使粉末具有更好的流動特性（由于較窄的粒度分布），從而簡化了壓片或膠囊填充的下游過程。制藥行業中的噴霧干燥機具有廣泛的規模：從可以生產1克或更少克的物料實驗室裝置，到能夠每天生產幾噸的大型商業裝置。